沿革
1994年12月
第15回日本臨床薬理学会が浜松で開催された機会に「日本における薬剤疫学の今後の発展を考える会」を開催（45名、呼びかけ人：清水 直容、楠 正）
1995年01月
日本薬剤疫学研究会準備委員会（10名）が発足し、第１回会合を開催
1995年07月
30名の発起人により、日本薬剤疫学研究会が発足
1995年12月
第1回学術総会（東京 国立公衆衛生院、会長：楠 正）
1996年03月
会誌「薬剤疫学」 Vol.1 No.1 発行。以後毎年2号を定期的に発行
1996年11月
第2回学術総会（東京 明治記念館、会長：北澤 式文）
1997年11月
日本薬剤疫学研究会から日本薬剤疫学会に改称
第3回学術総会（東京 東京大学、会長：開原 成允）
1998年11月
第4回学術総会（東京 全電通労働会館、会長：佐久間 昭）
1999年11月
第5回学術総会（宇部 全日空ホテル、会長：神谷 晃）
2000年11月
第6回学術総会（東京 全電通労働会館、会長：道場 信孝）
2001年11月
第7回学術総会（東京大学安田講堂、会長：大橋 靖雄）
2002年11月
第8回学術総会（昭和大学上條講堂、会長：伊賀 立二）
2003年11月
第9回学術総会（東京 あいおい損保新宿ビル、会長：細田 瑳一）
テーマ：日常診療における薬剤疫学の適正利用
2004年11月
第10回学術総会（福岡 エルガーラホール、会長：信友 浩一）
テーマ：薬剤疫学のユーザー
2005年11月
第11回学術総会（福井 福井商工会議所、会長：政田 幹夫）
テーマ：ファーマコビジランス
2006年11月
第12回学術総会（神奈川 パシフィコ横浜、会長：景山 茂）
テーマ：医薬品の安全性とリスク評価
2007年05月
特別シンポジウム「インフルエンザ罹患後の異常行動と薬剤疫学」
2007年10月
第13回学術総会（東京大学鉄門講堂、会長：別府 宏圀）
テーマ：医療消費者と薬剤疫学
国際薬剤疫学会/日本薬剤疫学会 共催「2007薬剤疫学教育プログラム」
2008年01月
日本学術会議協力学術研究団体として指定される
2008年08月
会誌「薬剤疫学」12巻1号よりオンラインジャーナルJ-STAGEに搭載開始
2008年11月
第14回学術総会（北里大学薬学部コンベンションホール、会長：望月 眞弓）
テーマ：薬剤疫学の発展と定着―今取り組むべき課題―
2009年11月
第15回学術総会（東京大学医学部鉄門記念講堂、会長：津谷喜一郎）
テーマ：くすりはリスク：ヒューリスティックからガバナンスへ
2010年7月
日本薬剤疫学会（JSPE）会員がISPE会員になることを希望する場合の年会費割引取扱に関する契約を締結
2010年10月
第16回学術総会＜第5回ISPEアジア会議との共同開催＞
（あいおい損保新宿ビル、会長：久保田潔）
テーマ：アジアにおける薬の安全性のための活動と協力
2011年5，8，11月
チュートリアル「薬剤疫学の基礎と文献の批判的吟味・グループ討論」
2011年11月
第17回学術総会（慶應義塾大学芝共立キャンパス、会長：池田俊也）
テーマ：薬剤疫学と医療データベース～次なるステージへ～
2012年11月
第18回学術総会（慶應義塾大学芝共立キャンパス、会長：黒川達夫）
テーマ：薬剤疫学、その発展、社会適用と未来
2013年10月
ファーマコビジランス・スペシャリスト(PVS)認定制度発足
2013年11月
第19回学術総会（東京大学伊藤国際学術記念センター、会長：浜田 知久馬）
テーマ：薬剤疫学における生物統計の役割
‐科学的な医薬品リスク管理計画(RMP)実践を目指して‐
2014年10月
第20回学術総会（松山市総合コミュニティセンター、会長：野元 正弘）
テーマ：薬の安全性とリスクの評価ー現場で有用なエビデンスの創出と提供ー
2015年11月
第21回学術総会（日本薬科大学さいたまキャンパス、会長：大山良治）
テーマ：医療データベースと薬の安全性・有効性に関する薬剤疫学
2016年11月
第22回学術総会（みやこめっせ(京都市勧業館)、会長：川上浩司）
テーマ：医療リアルワールドデータ時代における疫学
2017年05月
ファーマコビジランス・スペシャリスト(PVS)認定試験開始
2017年07月
会誌「薬剤疫学」オンラインジャーナルJ-STAGEに電子的事前掲載開始
2017年11月
第23回学術総会（東京大学伊藤国際学術研究センター、会長：小出大介）
テーマ：薬剤疫学 過去・現在・未来 -From Big Data to Knowledge-
2018年10月
第24回学術総会（東北大学星陵会館（星陵オーディトリアム他、会長：山口拓洋）
テーマ：薬剤疫学研究の新たな方法論
2019年10月
第25回学術総会＜第12回国際薬剤疫学会アジア会議(ACPE)との共同開催＞
（みやこめっせ（京都市勧業館）、会長：川上浩司）
2021年11月
第26回学術総会（慶應義塾大学 三田キャンパス 東館、会長：漆原尚巳）
テーマ：Regulatory Science Meets Epidemiology.
2021年12月
ファーマコビジランス・スペシャリスト(PVS)から認定薬剤疫学家に名称変更
2022年11月
第27回学術総会（神戸臨床研究情報センター、会長：鍵村達夫）
テーマ：「薬剤疫学の再定義」
2023年11月
第28回学術総会（京都大学百周年時計台記念館、会長：中山健夫）
テーマ：薬剤疫学～これまで・今・これから～